Jest specjalistą gastroenterologii, posiadającym wykształcenie i wiedzę w zakresie stosowania endoskopii w diagnostyce i leczeniu nowotworów przewodu pokarmowego. Obecnie pracuje w Klinice Gastroenterologii Onkologicznej w Narodowym Instytucie Onkologii – Państwowym Instytucie Badawczym. Doktor Pilonis ukończyła dwuletni staż w badaniach endoskopowych na Uniwersytecie w Cambridge, koncentrując się na zaawansowanym obrazowaniu endoskopowym i nieinwazyjnych metodach monitorowania przełyku Barretta. Jej praca kliniczna koncentruje się obecnie na zastosowaniu endoskopii w leczeniu onkologicznym pacjentów z nowotworami przewodu pokarmowego. Oprócz praktyki klinicznej aktywnie angażuje się w badania naukowe, ze szczególnym uwzględnieniem oceny skuteczności klinicznej endoskopowego leczenia nowotworów przewodu pokarmowego.